ต่อมานกกระทุงก็เกือบจะสูญพันธุ์ไปจากท้องถิ่นเนื่องจากการรบกวนของมนุษย์ ซึ่งส่วนใหญ่ในตอนแรกเป็นชาวประมง ต่อมาเมื่อยูโกสลาเวียล่มสลายในปี 1990 ผู้ลักลอบข้ามแดนใช้ทะเลสาบเพื่อข้ามจากมอนเตเนโกไปแอลเบเนียก่อให้เกิดความเครียดและรบกวนการทำรังของนกกระทุงมากยิ่งขึ้น
“ที่นี่เป็นอาณานิคมนกกระทุงที่เก่าแก่ที่สุดแห่งหนึ่งในยุโรป” ลูกชายของ Ondrej Andrej ซึ่งตอนนี้เป็นภัณฑารักษ์ที่พิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์แห่งชาติกล่าว “แต่สำหรับทศวรรษที่ผ่านมามันต้องต่อสู้ดิ้นรนเพื่อให้อยู่รอด”
ในปี 2013 สิบองค์กรเริ่มโครงการร่วมกันอนุรักษ์ Noe Conservation นำโดยฝรั่งเศสที่ไม่แสวงหากำไร โดยมีเป้าหมายของการปกป้องอาณานิคมและทำให้การผสมพันธ์ุประสบความสำเร็จมากขึ้น ทีมงานเพิ่มการลาดตระเวนและทำงานร่วมกับชาวประมงท้องถิ่นเพื่อให้ความรู้เกี่ยวกับวิธีการที่พวกเขาจะคำนึงถึงนกกระทุงโดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงฤดูผสมพันธุ์
มาตรการเหล่านี้กำลังได้ผล Vaselj Donaj ชาวประมงคนหนึ่งอธิบายว่า “เราอยู่กับนกกระทุงเหล่านี้ พวกมันอยู่ที่หน้าบ้านของเราทั้งวันทั้งคืน เราเป็นชาวประมงทั้งหมดและทะเลสาบสกาดาจะเป็นสมบัติที่ยิ่งใหญ่ที่สุดที่เรามี ถ้าเรารู้วิธีที่จะรักษามัน”
แต่ยังมีเรื่องสำคัญอีกเรื่องหนึ่งสำหรับโครงการอนุรักษ์
ทะเลสาบสกาดามีน้ำท่วมอยู่เสมอๆ ดังนั้นนกกระทุงดัลเมเชี่ยนจึงสร้างรังที่ลอยน้ำและสามารถทนต่อการเปลี่ยนแปลงระดับน้ำอย่างฉับพลันถึงหนึ่งฟุตครึ่ง แต่การก่อสร้างเขื่อนไฟฟ้าพลังน้ำของแอลเบเนียในช่วง 50 ปีที่ผ่านมาได้ปิดกั้นทะเลสาบให้ไหลออกทางทะเลอย่างเดียว ทำให้เพิ่มโอกาสที่จะเกิดน้ำท่วมขนาดใหญ่
โครงการอนุรักษ์สร้างแพรังนกเทียมที่สามารถทนต่อน้ำท่วมสูง นกกระทุงยอมรับแพเกือบจะในทันทีและใช้พวกมันสำหรับการเพาะพันธุ์
ขอบคุณความพยายามในการอนุรักษ์อย่างต่อเนื่องของโครงการนี้ ในปี 2014 อาณานิคมนกกระทุงแห่งนี้ประสบความสำเร็จในการขยายพันธุ์เป็นครั้งแรกในรอบหลายทศวรรษที่ผ่านมา เมื่อปีที่แล้ว นกกระทง70 ตัว ให้กำเนิดลูกนกที่รอดชีวิต 48 ตัว เป็นจำนวนมากที่สุดในรอบ 37 ปีนับตั้งแต่เริ่มมีการนับจำนวนประจำปี Andrej Vizi กล่าวว่า “ผมหวังว่าภาพความสำเร็จในการขยายพันธุ์นี้จะเป็นมาตรฐานสำหรับทะเลสาบสกาดา ผมคิดว่านี่เป็นเพียงจุดเริ่มต้นของการฟื้นฟูสายพันธุ์อย่างเต็มที่”